Eötvös Loránd Tudományegyetem
Természettudományi Kar
Fizikai Intézet

 
   

 

 

 

 

 

mesterszakos diplomatéma részletei

A kiíró adatai
Név: Pongor Csaba István
Tudományos fokozat: PhD
Intézet: Semmelweis Egyetem, Biofizikai és Sugárbiológiai Intézet
Telefonszám: 06206663455
Honlap: http://biofiz.sote.hu/

 

A mesterszakos diplomatéma:
Címe: Metiláció hatása egyedi DNS molekulák nanomechanikai tulajdonságaira
A munka jellege: kísérleti
Szakterületi besorolás: Biológiai Fizika
A téma rövid leírása: Az emlős sejtek genomjában a citozinok 60-90%-ban metiláltak. Ezek a metilációs helyek egyenetlenül oszlanak el a teljes genomban. Azokat a régiókat, ahol CG szekvenciaegységek feldúsulnak "CpG szigeteknek" hívjuk. Becslések szerint az emberi gének promótereinek 70%-át előzik meg ilyen CG-ben gazdag szakaszok, ami eleve arra utal, hogy a metilációnak szabályozó szerepe van. A metiláció hatását a DNS mechanikai tulajdonságaira eddig csupán közvetetten, DNS ciklizációs kinetikai és nukleoszóma kötési kísérletek alapján vizsgálták. Érdekes módon ezek gyakran ellentmondó eredményeket szolgáltattak, ami rámutat arra, hogy a metiláció hatása mindenképpen szekvenciaspecifikus.
Célunk, hogy direkt módon mérjük ki a metiláció hatását a DNS nanomechanikai tulajdonságaira. Ehhez lambda-fág DNS-ből kiválasztottunk egy CpG szigetnek megfelelő szekvencia részt és PCR reakcióval előállítottuk a metilálatlan polinukleotidot, illetve annak teljesen metilált változatát (a reakcióelegyben dCTP helyet dm5CTP-t használtunk). Kísérleteink során a hallgató feladata, hogy a mintakészítés optimálása után atomi-erő mikroszkópiás (AFM) vizsgálatok segítségével topológiai vizsgálatokat végezzen az előállított DNS szegmenseken. Majd a képek analíziséből következtetéseket vonjon le a vizsgált DNS minták mechanikai tulajdonságaira és a módosítások DNS szerkezetekre gyakorolt hatásaira. További feladata, hogy a számítógépes adatanalízis menetét fejlessze.
Szükséges előismeretek: Anyagtudományi és, programozási alapismeretek.
Egyetemi konzulens: Kürti Jenő
Tanszék: Biológiai Fizika Tanszék

 

Jelentkezés a mesterszakos diplomamunkára
Szeretnék jelentkezni a fenti mesterszakos diplomamunkára:
ETR/Neptun-kód:
Név:
Szak:
Évfolyam:
E-mail cím:
Telefon:

 

 

 

 

Programozás és grafika:
Pozsgai Péter